国自然申请书中为体现申请人前期基础可以把杂志和影响因子用红色加粗表示吗？

可以，有优势就要重点突出.

现在一般不提这个了.

加粗的一般是本子本身的亮点以及创新点，或者彰显本子研究思路以及研究脉络的重点。
对论文影响因子加粗显示会让人比较反感吧

可以啊，如果楼主觉得这是个在你们学科很强的优势的话，不妨做些强调。毕竟，同组横向比较是涵括各个方面的。

不必。审你本子的人是同行，杂志质量如何他清楚。