合作单位发表论文，只要有合作单位负责人名字就可以吗？

应该是这样的，但是这种情况估计纯粹是为了挂上基金号。按理说，你把钱转到合作单位，那么这笔钱是用在你们共同合作的课题上的，因此你作为负责人应该是论文作者之一。

如果确实与课题相关，文章署名中没有你也是可以的，以后结题报告中可以把这篇论文作为课题研究的成果之一。财务方面没有任何问题。毕竟发表论文也不是把基金成员都挂上，况且很多基金里面的成员都是凑数的。