申请国家自然科学基金的时候挂上国外的外导手续麻烦吗

不麻烦。不算合作单位，他写一个授权即可

主要参与者中的境外人员被视为以个人身份参与项目申请，其境外工作单位不作为合作研究单位，如本人未能在纸质申请书上签字，则应通过信件、传真等方式发送本人签字的纸质文件，说明本人同意参与该项目申请且履行相关职责，作为附件随申请书一并报送。